NANG itatag ni Emilio Aguinaldo ang unang Republica ng Pilipinas, itinatag din niya ang Department of Agriculture kasabay Revolutionary Government of the Philippines noong 1898. Tinawag itong Department of Agriculture and Manufacturing noong June 23, 1898 at si Jose Alejandrino ang hinirang na unang kalihim.
Nagsilbi si Alejandrino sa Malolos Congress, at naging unang miyembro ng dalawang kumite na sumulat ng Malolos Constitution. Noong 26 September, ibinigay sa kanya ang posisyong Director of Agriculture, Industry and Commerce.